Des fonts baptismaux et un bénitier du VIè. siècle attestent la présence d’une église à Saint-Germain de Clairefeuille dès cette époque.
Durant la guerre de Cent-ans, vers 1435, après un malencontreux incendie qui détruisit la nef voûtée en bois du XII siècle, l’église fut reconstruite.
C’était aux environs de 1450, après le départ des soldats anglais qui occupaient le village depuis plus de trente ans. Elle a conservé depuis son aspect d’origine dont le clocher, massive tour romane avec meurtrières. La nef en bois fut remplacée au XIXè siècle par un plafond à caissons.
L’église se présente sous la forme d’un vaisseau rectangulaire flanqué, à gauche du portail, de la tour romane qui renferme actuellement quatre cloches.
En entrant dans l’église on trouve, à droite, un bénitier du VIè. siècle et, à gauche, des fonts baptismaux de la même époque qui ont conservé leur cuvette en plomb.
A l’entrée du chœur, une clôture en bois sculpté et peint du XVè. siècle est attribuée à Guillaume Goujon, célèbre sculpteur de la région.
Un baldaquin- classé monument historique- est composé de 13 tableaux peints sur bois au XVè. siècle ; il est attribué à un élève de Jean de Bruges. Ces tableaux représentent des scènes de la vie du Christ et de la lapidation de Saint Etienne.
De part et d’autre de l’ouverture du chœur, deux retables du XVIIè. siècle sont composés de colonnes torsadées, de guirlandes de fleurs et de fruits, d’une statue de Saint Etienne et de tableaux (Sainte Geneviève et Saint Etienne) également du XVIIè. siècle.
Le baldaquin-jubé séparait la nef du chœur qui servait de chapelle canoniale aux chanoines de Toussaint ( ordre de Saint Augustin). Ces derniers possédaient une part importante du fief de Saint Germain de Clairefeuille depuis 1218.
Le maître-autel, daté de 1655, dont l’ensemble est classé monument historique, est de forme galbée, à l’agneau pascal ; il supporte un tabernacle en forme de pavillon à cinq pans ornés de colonnes torsadées de feuillages et surmonté d’un dôme à écailles. Six chandeliers du XVIIè. siècle en bois doré éclairaient le maître-autel.
De part et d’autre, deux grandes colonnes provenant d’un ancien retable disparu au XIXè. siècle portent chacune une statue en bois peint : Saint Germain l’Auxerrois et un moine capucin.
Sur la gauche du maître-autel, une statue du XVIIè. siècle représente Saint Sébastien.
Dans le chœur, un banc seigneurial du XVIIè. siècle en bois armorié complète l’ensemble.